Clone Spy es una aplicación portátil gratuita que puede detectar duplicados de archivos de varias maneras y reaccionar automáticamente o después de la entrada del usuario en el descubrimiento de dichos archivos. Los duplicados se detectan comparando las sumas de comprobación de los archivos, los nombres, los tamaños y una combinación de esos parámetros. Clone Spy ofrece dos formas distintas de comprobar si hay duplicados en los archivos. La primera es seleccionando al menos una carpeta del sistema con la opción de escoger tantas carpetas y subcarpetas como sea necesario. Las subcarpetas se pueden seleccionar automáticamente eligiendo añadir todas las carpetas de hermanos de la carpeta seleccionada.
Una vez que se han seleccionado las carpetas, se pueden comprobar inmediatamente si hay duplicados. Una vez que un duplicado ha sido detectado, puede ser borrado o movido inmediatamente. Otras opciones incluyen la creación de una lista de archivos duplicados y la creación de un archivo por lotes. La segunda opción también es interesante. Los archivos se pueden comparar con los archivos de suma de comprobación que se han generado previamente, lo que resulta en una velocidad de procesamiento más rápida. Ideal, por ejemplo, si almacena archivos que permanecerán en su sistema y a los que sólo agrega archivos nuevos.

Clone Spy proporciona varias opciones automáticas sobre cómo manejar archivos duplicados. Puede eliminar archivos antiguos o nuevos o archivos con un nombre de archivo o una ruta de acceso más largos o más cortos.
El proceso puede ser personalizado en las opciones del programa. Allí, el usuario puede incluir o excluir tipos de archivo para que no se incluyan en el análisis, si y cómo los atributos de archivo afectan al análisis y si se deben ignorar carpetas específicas.
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